Το 1207 το νησί κατελήφθη από τον Ενετό Μάρκο Σανούδο, ο οποίος ίδρυσε το Δουκάτο της Νάξου. Οι Ενετοί θα κυριαρχήσουν στη Νάξο για τρεισήμισι περίπου αιώνες εγκαθιδρύοντας ένα φεουδαρχικό σύστημα, που θα ισχύσει μέχρι τις αρχές του 19ου αιώνα, με συνέπεια η εξουσία των απογόνων τους επί των ντόπιων να διατηρηθεί ουσιαστικά και μετά την κατάκτηση του νησιού από τους Τούρκους. Κατά το διάστημα αυτό η Νάξος θα βρεθεί στο στόχαστρο του βενετοτουρκικού ανταγωνισμού για κυριαρχία στο Αιγαίο, ενώ η έλευση και η δραστηριοποίηση Γάλλων κυρίως μισσιοναρίων στο νησί με την ανοχή των Οθωμανών θα ενισχύσει την ήδη ισχυρή δυτική παρουσία στις Κυκλάδες κατά τη διάρκεια της Τουρκοκρατίας. Σιωπηλοί μάρτυρες της λατινικής παρουσίας και κυριαρχίας στη Νάξο θα παραμείνουν τα μνημεία, που άφησαν οι κατακτητές πίσω τους: το Κάστρο της Χώρας και οι διάσπαρτοι σε όλο το νησί πύργοι.
