Οι Ναξιώτες εξεγέρθηκαν πολλές φορές ενάντια στους κατακτητές, Λατίνους και Τούρκους. Το 1595 έγινε τολμηρή συνωμοτική κίνηση αντιπροσώπων δεκαπέντε νησιών στη Νάξο, που απέβλεπε στην κατάλυση της τουρκικής αυτοκρατορίας. Ενάντια στους Φράγκους ξεσηκώθηκαν το 1563, το 1643, το 1670 και το 1681. Σημαντικότερες είναι οι εξεγέρσεις κατά τον 18ο αι. με πρωταγωνιστές τα μέλη της οικογένειας των Πολιτών και με κέντρο τον πύργο του Μάρκου Πολίτη στους Ακαδήμους, στο λεκανοπέδιο της Τραγαίας.
Ο αρχηγός του «κοινού των χωρίων» Μαρκάκης Πολίτης έγινε το φόβητρο των Λατίνων πολεμώντας τους από το 1770 μέχρι το 1802 και το είδωλο των Ελλήνων. Ξεσήκωσε τους αγρότες της Δρυμαλιάς, χρησιμοποίησε τους Τούρκους στον αγώνα του εναντίον των Μπαρότσι τους οποίους προσεταιρίσθηκε εναντίον των Λατίνων. Συνεισέφερε για τη λειτουργία της Σχολής του Αγ. Γεωργίου της Γρόττας και την ανοικοδόμηση του Αγ. Αρτεμίου στην κοιλάδα του χωριού Κινίδαρος. Χαρακτηρίστηκε «αναστήτωρ της Ναξίας» και «πρόμαχος της αποκοπής του φεουδαλισμού» στο νησί. Οι Φράγκοι τον συκοφάντησαν, τον καταδίωξαν, η περιουσία του δημεύτηκε, και κατάφεραν να εξορισθεί στη Μυτιλήνη όπου με διαταγή του Χουσεΐν πασά πνίγηκε με σχοινί στις 25 Μαρτίου 1802. Ο γιος του Μαρκοπολίτη, Μιχαλάκης, συνέχισε το έργο του πατέρα του, ανέκτησε την πατρική περιουσία, επιβλήθηκε σαν προεστός και αρχηγός του Κοινού των Χωρίων και αγωνίσθηκε εναντίον των Φράγκων και των Τούρκων. Στα τέλη του 1821 ο Αλέξανδρος Υψηλάντης είχε στείλει ανθρώπους στις Κυκλάδες με επαναστατικές προκηρύξεις. Το Δεκέμβριο του 1820 ορκίστηκαν οι πρώτοι Φιλικοί στη Νάξο, μεταξύ αυτών και ο Μαρκοπολίτης οι οποίοι κήρυξαν την Επανάσταση στις 6 Μαΐου 1821.