Μετά την Πάρο οι Τούρκοι έφθασαν στη Νάξο, την οποία και λεηλάτησαν, ενώ ζήτησαν από τον δούκα Ιωάννη Δ΄ Κρίσπο παράδοση με την απειλή ότι θα σκότωναν τον πληθυσμό του νησιού. Με την υποταγή της Νάξου στους Οθωμανούς σηματοδοτείται η ουσιαστική κατάλυση του δουκάτου του Αιγαίου.Ωστόσο, οι Τούρκοι δεν αποίκησαν τη Νάξο και τις άλλες Κυκλάδες, κυρίως εξαιτίας του φόβου των πειρατών, έτσι ελάχιστοι κάτοικοι αναγκάστηκαν να μυηθούν στο Ισλάμ. Στην Νάξο το πέρασμα από τη βενετική στη γαλλική κυριαρχία σηματοδοτείται με την εγκατάσταση Γάλλων καθολικών μοναχών, αρχικά Ιησουϊτών (1627) και έπειτα Καπουκίνων (1628), τους οποίου ακολούθησαν οι Ουρσουλίνες (1739) , Οι Λαζαριστές (1782) και οι Σελεσιάνοι (1891). Οι μοναστικές αυτές κοινότητες απέκτησαν φέουδα στο νησί, προσφέρονταν όμως μεγάλο φιλανθρωπικό και κυρίως εκπαιδευτικό έργο όχι μόνο σε καθολικούς αλλά και σε ορθόδοξους. Γνωστά εκπαιδευτικά ιδρύματα είναι η Σχολη Ιησουητών ή Γαλλική Εμπορική Σχολή και η Σχολή Ουρσουλινών, οι οποίες λειτούργησαν μέχρι τον 20ο αι. Οι Νάξιοι εξεγέρθηκα πολλές φορές εναντίον των κατακτητών. Σημαντικότερες εξεγέρσεις έγιναν τον 18ο αι. Από την οικογένεια Πολιτών με κέντρο τον πύργο του Μάρκου Πολίτη στους Ακάδημους. Ο αρχηγός του κοινού των χωριών, Μαρκάκης Πολίτης πολέμησε τους λατίνους από το 1770 έως το 1802, ξεσηκώνοντας τους αγρότες της Δρυμαλίας . Ο γιος του Μιχαλάκης Μαρκοπολίτης, συνέχισε το έργο του πατέρα του, ανέκτησε την περιουσία τους, επιβλήθηκε σαν προεστός και αρχηγός του Κοινού των Χωριών και αγωνίσθηκε εναντίων των Φράγκων και των Τούρκων. Ο Αλέξανδρος Υψηλάντης στα τέλη του 1820 είχε στείλει ανθρώπους στις Κυκλάδες με σκοπό να στρατολογήσει μέλη της Φιλικής Εταιρίας, μεταξύ αυτών και ο Μαρκοπολίτης, οι οποίοι κήρυξαν την Επανάσταση στις 6 Μαΐου 1821.
